Сделайте через замыкание или property функции или по корявому вот так например:
var buttonAdd = document.getElementById("button-add");
var count = 1;
buttonAdd.addEventListener("click", function() {
var todolistChilds = document.getElementById('todolist').getElementsByClassName('input').length;
if(todolistChilds < 10) {
var newInput = document.createElement('input');
newInput.classList.add('input','input-' + ++count);
todolist.appendChild(newInput);
}
else {
alert('Ошибка');
}
});
// как то так, код не проверял