Ошибка в ничем. Код работает:
https://ideone.com/UQ1EGS
И вот такой код работает, причем вообще без циклов. На больших массивах разница в скорости будет заметна.
$result = ['data' => [
'main' => $keywords['data'],
'secondary' => $keywords['data'],
]];
https://ideone.com/fi0l5o
А если вам не просто сдублировать, то откройте для себя
array_filter()