Про ресурсоемкость все понятно, допустим это не проблема.
При использовании RDP настораживает тот факт, что пользователь попадает и работает непосредственно на сервере, опаснее ли это (дает ли это дополнительные преимущества возможным злоумышленникам), нежели если пользователь видит в сети только расшаренную для него папку, а все вычисления осуществляются на клиентском ПК? Или при грамотном разграничении доступа особой разницы нет?
Хотя в RDP есть возможность разрешить ему при терминальном подключении использовать только заданное приложение, но соглашусь с Вами, пользователям будет не привычно.