Это очень злой php код!
Походу
$r = $mysqli->query($where[$w]['sql']);
При следующие итерации значение затрется.
Чтобы это проверить, поменяйте поля формы:
<input type="search" name="query">
<input type="date" name="calendar" min="2016-09-29">
Тогда дата будет вторая в массиве.