Во-первых, вместо -classpath можно использовать более короткий алиас -cp.
Во-вторых, с помощью это директивы ты указываешь компилятору, где искать ИСХОДНЫЕ файлы, файлы классов и файлы аннотаций от которых зависит твой проект.
Стандартный подход к компиляции такой.
После -cp ты указывешь папку, в которой лежат твои исходные файлы, и через ";" пути до .jar библиотек.
После -d "./classes" стандартный путь для скомпилированных файлов
Последним параметром указываешь путь до входной точки программы. Файла, содержащего
public static void main(String[] args) {}. К примеру src/ru/myproject/Main.java
Более подробно описано в официальной документации
javac