Все что прописывается в gwt.xml — это клиентский код, который компилируется в JavaScript. Если Gson нужен только на сервере, то в GWT модуле его прописывать не надо.
Необходимо убедиться что джарник добавлен в build path (я так понимаю, он там уже есть) и classpath при старте приложения в Томкате (или что там у Вас)
