все зависит от вашей бедности - когда есть достаточно места на хардах, то можно просто перенести "удаленное" в "корзину", а потом через пару дней удалить по крону. по аналогии с этим я создаю дампы sql запросов при удалении/изменении данных чтобы можно было и их восстановить. P.s.Ежедневные дампы тоже никто не отменял.