Ключ -A добавляет правило в конец цепочки, ключ -I в начало. Оперируйте ими, чтобы добавить правило в правильное место. Если пакет подпадает под первое правило, остальными он уже не обрабатывается. Для просмотра правил используйте iptables -nL
Как правильно заметили нужен проброс gre протокола используя -p gre.
Также еще нужна поддержка в ядре. Проверить можно командой modprobe nf_conntrack_proto_gre
