есть ли возможность собрать NodeJS проект с зависимостями в файл
Есть возможность собрать в бинарник. Если вес вас, конечно же, не волнует. Есть инструменты архивации (не путайте архивацию со сжатием).
Я все-таки уверен, что докачивать зависимости средствами NPM будет проще. А все остальное - в архив. TAR, к примеру.
Про NPM
Google:
- package.json
- npm init
- npm install
- npm install --save
Вот тут русским языком описано, что к чему. На Хабрахабре есть поподробнее. Кроме того, максимум подробностей есть в документации, собственно, NPM
