SiO4

Галерея для вариаций может быть встроена в шаблон, может быть отдельным плагином к примеру...

Вот ссылка на инструкцию ( ссылка ). Меня она выручала частенько.

Найдите раздел, там всё описывается:
Import Products With Images – Advanced Topics

У вас в коде есть сторока с jquery. Код как вы сказали в хедере. Смею предположить что jquery у вас подключен в футере. Надо чтобы ваш код выполнялся после подключения jquery.
Либо просто переписать строчку $('#fancybox-close').trigger('click');
на document.getElementById("fancybox-close").click();