Многое зависит от проекта. Нужны ли сложные выборки, большая ли база и т.д. Я, например, работаю с небольшими магазинами, привязанными к партнерской программе. Товаров не более 1000. Мне вполне достаточно сериализованного массива товаров и категорий, хранящегося в файле. Если объем большой посмотрите в сторону
MooSQL, но она, похоже, не развивается и очень ограничена в функционале
