Для быстрой работы системы, тебе нужно вытеснить на ссд все данные, к которым нужен быстрый доступ. В принципе 128гиг достаточно для полноценной работы и без хдд. Поэтому я на твоем месте вынес бы на ссд:
1. однозначно своп
2. / (корень), для быстрой загрузки системы, ядра и библиотек.
3. /home. Там данные пользователя и личные конфиги.
Дисковый накопитель включай в хоум дополнительной папкой. Например /home//HDD. После этого на него должны уйти все фильмы, музыка, документы и загрузки. После установки делай симлинки этих папок в свой /home.
Я бы так сделал.