Если этот репозиторий вы используете как шаблон, то можно сделать его в соответствии с шаблонами с которыми может работать cookiecutter и потом новые проекты инициализировать командой: cookiecutter <путь до репозитория-шаблона>
Как вы запускаете контейнер с Postgresql?
Возможно не указываете POSTGRES_PASSWORD и тогда база данных не может инициализироваться.
Посмотрите секция *How to use this image*
Существует много шаблонов различных проектов на Python на Github, будь-то распространяемый пакет или Django/Flask/... приложение. Если отличные шаблоны от wemake-services для Python-пакетов, Django-приложений