ShanderYO

Так генерирую ключ:
keytool -genkey -keystore rp.keystore -storepass Fd34eg -alias rp.key -keypass sdva345FGF -validity 10000

Подписываю:
jarsigner -keystore rp.keystore -storepass Gdft56gdfDSF -keypass dfgdfg4FFDf rp.apk rp.key

Проверка файла:
zipalign -f -v 4 rp.apk rp2.apk

------------------------------------------
Решил проблему установкой eclipse и выполнением подписи и проверки через него.

Проблему удалось решить получением intent вот таким образом:

PackageManager pm = getPackageManager();
        Intent notificationIntent = pm.getLaunchIntentForPackage(getApplicationContext().getPackageName());

По какой причине не работает ручное указание Activity класса не понятно.