Я разобрался, все банально я не правильно интерпретировал вывод htop, он при отрисовки дерева процесса выводит суммарную информацию по потреблению CPU в главном процессе.
SELECT user.id, count(*) as numbers_of_group
FROM user
JOIN user_group
ON user_group.user_id = user.id
GROUP BU user.id
ORDER BY numbers_of_group DESC
LIMIT 2
