Не стоит поднимать панику, нужно просто немного помучаться, и всё получится!
&НаСервере
Процедура СоздатьНеСоздаваемое()
РеквизитФормыДерево = Новый РеквизитФормы("Дерево", Новый ОписаниеТипов("ДеревоЗначений"));
МассивДобавляемыхРеквизитов = Новый Массив;
МассивДобавляемыхРеквизитов.Добавить(РеквизитФормыДерево);
ИзменитьРеквизиты(МассивДобавляемыхРеквизитов);
ДеревоЗначений = Новый ДеревоЗначений();
ЗначениеВДанныеФормы(ДеревоЗначений, ЭтаФорма.Дерево);
КонецПроцедуры
Это конечно все через одно место, но можно так победить этот вопрос. Только конечно в вашем случае вам нужно будет любую форму получить, в которую вы новый реквизит программно запихнете.