Мне так и не удалось разобраться. Сроки сильно поджимали, пришлось напрямую в html.tpl вписать условные комменты. Только таким методом заработало. Хотя большинство людей говорят, что это не грамотный подход, но деваться было некуда.
Нужно подключать JS в условных комментах не через HTTPS, а через HTTP.
Но вот с Друпалом у меня тоже проблемы с условными комментами когда использую Bootstrap. Нашел временное решение подключать bootstrap в файле темы, а не в .info.
Мне кажется, что подобные способности способны вытянуть человека в оффлайн бизнесе. На биржах все упирается в цену. Чем меньше напишешь цифру и больше пообещаешь сделать тем выше шанс получить хоть какую то копейку.