$course_name = $assoc['name'];
$stages_sql = mysqli_query($conn, "SELECT * FROM stages WHERE course = " . mysqli_escape_string($conn, "$course_name"));
Как один из вариантов - достаточно не плохо. Суть в чём: при успешной аутентификации в сессию сохраняете какое-то значение, мол авторизован пользователь.
$_SESSION['logged'] = true;
if (isset($_SESSION['logged'])) {
показать кнопку настройки профиля
}
else {
показать кнопки вход/регистр.
}