Каждый партнер регистрирует на себя платежную систему.
В зависимости от партнера подставляете разные id/secretы/логины при оплате/генерации подписей и т.п.
Колбеки-вебхуки от платежной системы приходят на условно уникальные url где мы тоже уже понимаем что платеж к какому-то конкретному партнеру поступил.
Технически никаких проблем в этом нет в общем. Из ограничений только ваша фантазия.
Только никто не захочет ничего не себя регистрировать и/или давать вам доступы, но это уже другая история xD