Вот такая команда в результате соберёт всё в один файл. На hello world работает. Если в вашем проекте не работает - надо смотреть на код.
dotnet publish -r win-x64 --self-contained -p:PublishSingleFile=true -p:IncludeNativeLibrariesForSelfExtract=true -o ./publish-path
https://docs.microsoft.com/en-us/dotnet/core/deplo... 