Ну я вижу 2 варианта.
1[Параноидальный]. При входе/выходе проверять на наличие накопителей, на которых мог бы содержаться программный код. В добавок отрубить Интернет в здании и глушить мобильную связь.
2[Вполне_разумный]. Разделять обязанности. Например фронт-энд прогер не получает доступа к исходникам бэк-энда и пользуется готовой документацией, для обработки/передачи данных. Среди бэк-эдщиков можно(и нужно) разделить код на модули и пусть каждый работает над своим модулем отдельно.
