Вы можете остановить цикл командой break: указываете условие, при котором надо остановить вывод job2 и прерываете цикл.
while True:
schedule.run_pending()
time.sleep(1)
if условие прерывания цикла:
break
Но в этом случае остановится вывод как job2, так и job1. Если нужно перестать выводить только job2, то создаете два модуля: один для job1, другой для job2.
def run1():
schedule.every(1).minutes.do(job1)
while True:
schedule.run_pending()
time.sleep(1)
def run2():
schedule.every(10).seconds.do(job2)
while True:
schedule.run_pending()
time.sleep(1)
if условие прерывания цикла:
break