SABeShnik

+1 Все категории и все статьи хранятся в БД
Если по простому, да простят PHPшники мое объяснение
У вас не создаются на каждую статью свой php файл, так было только в HTML
У вас index.php цепляет шаблон, и уже из базы данных берутся данные для его наполнения.
У вас отображается путь через index.php идет запрос GET, который в зависимости от введеных данных отображает страницу.

Я вас огорчу - все записи вообще в базе данных хранятся. index.php это скрипт который на выходе отдает вам то, что вы собственно в браузере видите. Учите матчасть.