При формировании данных сначала построй массив дат за период (пустые), а потом заполни его данными (которые есть).

// Получаем массив $res
// Формируем массив дат
$list = [];
$minDate = strtotime('-7 days');
$maxDate = strtotime(date());
for($date = $minDate; $date <= $maxDate; $date += 24*60*60) {
	$list[date('Y-m-d', $date)] = 0;
}
// Заполняем данными
foreach ($res as $row) {
	$list[date('d.m.Y', strtotime($row['stat_day']))] = $row['count'];
}
$list_date[] = array_keys($list);
$list_count[] = array_values($list);

Имеет ли смысл решать эту задачу в таком виде?

Вы всё равно будете иметь разрывы в записях: создана запись id=n (счётчик следующей записи n+1), после неё будет создана другая запись id=n+1 (счётчик следующей записи n+2), а после будет удалена запись n, счётчик сброшен до n+2.