Я так понимаю символ "a" основной, а крыжик сверху дополнительный. Возможно, можно как-то отсечь дополнительные символы от основного.
Неправильно понимаете. Символ
ã - это отдельная буква в португальском алфавите, в Unicode - U+00E3 Latin small letter a with tilde. Далеко не факт, что вместо неё можно корректно использовать букву
a.
А в чём вообще цель такой конвертации? Не проще ли работать в utf-8?
Если это реально необходимо, то посмотрите эту статью:
https://habrahabr.ru/post/45489/