Rsa97

Такое сообщение, как правило, возникает, когда код, написанный во времена PHP5
запускают на PHP7.
Связано оно с тем, что функция (в данном случае - hrutka_preprocess_page) ожидает получить ссылку на переменную, а получает константу. Скорее всего, это второй параметр со значением 'page'.
Для исправления нужно разобраться, действительно ли требуется передача по ссылке и либо исправить заголовок функции, либо предварительно записывать константу в переменную, которую уже использовать в вызове функции.
В PHP8 такая ситуация из предупреждения стала критической ошибкой.

Всё элементарно. В PHP любой массив - ассоциативный, что соответствует объекту JSON.
Но, если индекс массива начинается с нуля и содержит только строго последовательные номера (0, 1, 2, 3 и т.д.), то для простоты он представляется как классический массив, в том числе и в JSON.

print json_encode(['a', 'b']); // ["a","b"]
print json_encode([0 => 'a', 1 => 'b']); // ["a","b"]
print json_encode([1 => 'a', 2 => 'b']); // {"1":"a","2":"b"}

У вас массив заполняется по индексам $term->tid, которые не образуют классической последовательности, поэтому и представляются объектом.
Ваш код можно переписать так:

$vid = 'digest';
$termDataAll = array_map(
    fn($term) => [
        'tid' => $term->tid,
        'name' => $term->name,
        'weight' => $term->weight,
        'childs' => array_map(
            fn($child) => [
                'tid' => $child->tid,
                'name' => $child->name,
                'weight' => $child->weight
            ],
            \Drupal::entityTypeManager()->getStorage('taxonomy_term')->loadTree($vid, $term->tid, 1)
        )
    ],
    \Drupal::entityTypeManager()->getStorage('taxonomy_term')->loadTree($vid, 0, 1)
);

В результате должен получиться такой JSON

[
  [
    "tid": "11",
    "name": "parent-1",
    "weight": "7",
    "childs": [
      ["tid": "14", "name": "child-1", "weight": "0"],
      ["tid": "19", "name": "child-2", "weight": "1"],
    ],
  ], [
    "tid": "12",
    "name": "parent-2",
    "weight": "6",
    "childs": [
      ["tid": "17", "name": "child-1", "weight": "0"],
      ["tid": "18", "name": "child-2", "weight": "1"]
    ]
  ]
]