Любое стандартное использование флеш-диска тут не годится, если программу можно запустить с диска, то её можно и прочитать. Если нельзя прочитать, то нельзя и запустить.
Разве что сделать микрокомпьютер, на котором будет работать сервер приложения, а с диска только запускать внешний интерфейс, обменивающийся с сервером по USB.
