Евгений Юдин

Различие показателей наблюдается постоянно, чаще всего связано с тем что код одного из счетчиков не успевает прогрузиться.

Также бывают глюки по абсолютно непонятным причинам, причем косяк со стороны аналитикса, в то время как показатели метрики ближе к логам сервера.

Самое точное, конечно, прикрутить отображение лога сервера в админку, или на почту например ежедневные отчеты формировать.

Если нет возможности обратиться к серверу, то
посмотрите чей из скриптов у вас стоит выше на странице, если аналитикса, то вероятнее всего что метрика не успевает прогрузиться и из-за этого различие в показателях. Если метрика выше, то скорее глюк аналитикса и тут уже надо разбираться более плотно, но по опыту чаще всего метрика показывает более точные данные.

Судя по всем вводным данным из описания вопроса, а также из комментариев (время проводимое пользоватлями на сайте сильно увеличилось после падения трафика, траф исчез именно с брендовых запросов и пр.), становится очевидно что имела место накрутка поведенческих факторов с помощью сервисов типа movebo, serpclick, userator.

Данные накрутки могут с высокой вероятностью привести к ПФ фильтру от Яндекса, что на 6-12 месяцев загонит сайт за 5 страницу выдачи.

Также, судя по большому количеству отпавших ссылок ваш оптимизатор использовал арендованные ссылки, которые также могут привести к фильтру со стороны поисковых систем.