Работа битрикса - это очень сложная система и каждый разработчик работает по своему. То что в категориях не работает seo модуль - означает что разработчики шаблона могли его отключить за ненадобностью.
Первое что приходит в голову для исправления - добавить пользовательские поля для разделов, в них заполнять мета теги и выводить их только на страницах разделов.
