Для того что бы правильно удалить библиотеку пропишите команды
react-native unlink react-native-fs
yarn remove react-native-fs
я еще заметил вот эту штуку
IMPORTANT
For RN < 0.57 and/or Gradle < 3 you MUST install react-native-fs at version @2.11.17!
For RN >= 0.57 and/or Gradle >= 3 you MUST install react-native-fs at version >= @2.13.2!
For RN >= 0.61 please install react-native-fs at version >= @2.16.0!
и кажется что эта библиотека не имеет autolinking (react-native link обязательно нужно прописать) так что вам придется оставить эту библиотеку как есть с этим окном предупреждения.