Очевидно, не работает модуль mod_rewrite. Нужно все перепроверить, либо заново включить модуль mod_rewrite, т.е.:
1) Включить модуль mod_rewrite в Apache
sudo a2enmod rewrite
2) Активировать модуль в виртуальном хосте
<Directory /var/www/html>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
3) Перезагрузить сервер
service apache2 restart 