Как найти плагин, который подменяет ссылки в поисковой выдаче на реферальные?

Плагин от кэшбэк сервиса если стоит какой-нибудь, то это он скорее всего.

Шаблон в PHP не видит переменных, почему?

У вас код какого шаблона вверху templates/layout.php или templates/index.php? скорее всего первого, приведите код templates/index.php, потому что ошибка в нем

Как задать ограничение на время выполнения куска кода?

Можно передать потоку обьект и сохранить результат там, но проще воркеру самому сохранять результат куда нужно используя локеры (если несколько потоков и один например файл)

def longworker(result):
    t = random.randint(10,20)
    time.sleep(t)
    print('воркер работал {} секунд'.format(t))
    result.append('результат')

result=[]
w = threading.Thread(target=longworker,args=(result,), daemon=True)
w.start()

w.join(timeout=15)
if w.isAlive():
    print('Завершаем работу не дождавшись воркера')
    exit()

print(result)