Путь 1 - переопределять стили фреймворка подгрудая свой файл стилей позже него.
Путь 2 - кастомизировать фреймворк. Обычно css frameworks имеют less и/или sass версии. И в них есть файл с переменными переопределив которые можно получить желаемый результат
Путь 3 - зависит от фреймворк, bootstrap например имеет онлайн форму для кастомизации
getbootstrap.com/customize