Периферия работает нормально, монитор потянет только DVI,HDMI,DP, если древний VGA — работать не будет. Винт можно установить вторым, в миник влазит 2 винта штатно, необходимо только докупить шлейф. Ось идет вместе с миником, можно сделать загрузочную флешку прямо из системы или скачать с торрента (или App Store) образ, привязки к железу нет никакой. Для SSD необходимо будет, скорее всего, обновить прошивку и использовать утилиту TrimEnable для включения поддержки trim, автоматом включается только на фирменных ssd от apple. Софт можно ставить из апстора, можно просто скачивать образы с сайта производителя или торрентов, почти для всех программ установка — это простое перетаскивание пакета в директорию с программами, исключение — драйвера и системный софт. Можно подключить репозитории и ставить линуксовый софт, но без крайней необходимости не советую, очень гадит в систему. Очень советую сразу докупить RAM, штатных 4 GB на младшей модели очень не хватает, 8 — достаточно, если с запасом на виртуалки лучше 16.