Сергей Петриков

Штатного инструмента на сколько я знаю нет, но можно написать свой скрипт который в конфиг вместо include будет вставлять весь текст соответствующего include и потом выводить всю простыню.

Примерно так

server {
root /var/www/путь к заглушке/; 
}

server {
     server_name  aaa.ru www.aaa.ru;
#    Настройки вашего домена
}

Можно сменить на какой нравится, например, используя однострочник с sed или awk. Менять на какой нравится, хоть на 8080.

Не смотря на общую бредовость конфига тут даже советовать нечего особо, начнем с простого:
1 )ssl сертификаты сгенерированны все?
2) На 9000 порту локалхоста вообще что-нибудь слушает? Должен слушать php-fpm
3) Для портов 82 и 100 не указано, что это ssl, хотя внутри конфига есть указание на ssl?
А так может даже откроится, если открывать так:
https://127.0.0.1
127.0.0.1:82
127.0.0.1:100
Но по виду абсолютно бездумный копипаст конфига, совсем без понимания матчасти.