Если простые правки, я использую CuteFTP — правда в версии 8 у него проблемы с русским utf, но зато файл с реквизитами доступа зашифровать можно
webuilder — аналогичным принципом работает, но файл не шифруется и в момент сохранения приходится ждать.
в последней версии кое-какие улучшения в этом плане появились.
а вообще для проекта использую netbeans — да, весь проект закачивается, но это оправдывает появляющиеся удобства — вроде того что можно к функции переместиться сразу чтобы посмотреть что у нее внутри, поиск по проекту и тд