Anumik: а тут нет правильного варианта ) Каждый как хочет так и делает. Из своего опыта скажу, что ссылки в пунктах меню статичны. Например у вас есть раздел новостей /news/ дак он и через 10 лет будет на том же месте. Фильтр тоже имеет одинаковый принцип построения. Да и изменить пункт меню в любое время это 1-2 секунды.
когда вы нажимаете создать раздел, там 2е поле имя папки, так же когда вы создаете сртаницу там есть имя страницы, например вы создаете раздел test, то ссылка будет http://ваш_сайт.ру/test/
Anumik: помозговал ещё, можно апач или nginx настроить так, что бы домен с городом попадал в HTTP_HOST тогда это вообще все проблемы уберёт, получается надо сделать обратное действие как я предлагал для поддомена
#^([a-z0-9\-])$# CITY=$1 для главной, файл /index.php,
#^([a-z0-9\-])/catalog/$# для раздела с каталогом (морда) файл /catalog/index.php,
ну и тп, в итоге они и получили динамику для городов.
вообще, надо глянуть что монитор производительности говорит, если скорость сайта в норме, то зачем париться то особо. А по индексам и в жирной базе будет быстрой
