Кратко - замучаешься.
Тогда не miniATX, а microATX. А лучше ITX - mini, nano, pico... Там хотя бы LVDS шина бывает чаще. Гуглить по словам
mini ITX LVDS
.
За одним увидишь, что очень часто на таком форм-факторе именно ноутбучные комплектующие, да и ставятся такие мамки во всякие моноблоки и "тонкие клиенты".
Просто
пример
С клавиатурным разъёмом беда, проще найти обычную, но тонкую клаву, можно даже сразу с тачпадом.
В общем, это достаточно серьёзный моддинг получается.