Rapt

Пример без numpy, вообще без внешних библиотек

#!/usr/bin/env python3
a = 3
b = 5
r = 0  # Чтобы было, чем заполнять
mas = []
for i in range(a):
    mas.append([])
    for j in range(b):
        mas[i].append(r)
        r += 1  # Чтобы заполнялось не одно и тоже

print(mas)
# [[0, 1, 2, 3, 4], [5, 6, 7, 8, 9], [10, 11, 12, 13, 14]]

ты создаешь список, а потом умножаешь его на 2, таким образом он не клонируется, а копируется сам объект со всеми его адресами, поэтому b[0][0] == b[1][0] и b[0][1] == b[1][1], так как у тебя в b[0] находится тот же объект что и в b[1].
Если хочешь создавать многомерные массивы используй:
b = numpy.array(range(4))
b.shape = (2,2)

Для решения задач о покрытии есть специальный "Алгоритм X" Дональда Кнута.
На хабре есть хорошая статья на эту тему: habrahabr.ru/post/194410

Не в языке дело, а в алгоритме. У вас тут полный перебор, который не нужен.

def chess(a,b):
    return ((a[0]+a[1])&1 == (b[0]+b[1])&1);
print 'yes' if chess((1,2),(0,2)) else 'no';

Чтобы клетки были одного цвета, суммы координат клеток должны быть либо одновременно четными, либо одновременно нечетными. Если сумма координат одной клетки четная, а другой — нечетная, клетки разного цвета.