На mysql не создают такой файл.
Mysql - это отдельная программа, которая хранит данные в своих собственных файлах.
"Создавать" её не надо. На хостинге она уже есть, дома она обычно тоже уже есть, в составе какого-нибудь набора - XAMPP, MAMP и пр.
Если никаких наборов нет, то скачать и установить Mysql с офсайта.
После этого вся работа с БД будет производиться через SQL.
Лучше это делать через нормальный клиент, типа PHPStorm, Workbench и так далее. В крайнем случае - phpmyadmin, но это конечно очень уродливая программа.
Настроить программу на соединение с сервером БД и выполнять в нем команды SQL.
Например, создать database - это типа такой каталог, в котором лежат таблицы - CREATE DATABASE mydb;
И вот это mydb потом указывать в параметрах подключения PDO.
