Влад Животнев: При старте системы каталога /run/mysqld не существует. О чем есть сообщение в логах:
Mounting local filesystems...mount: special device /run/mysqld does not exist
failed.
1)Монтировать/отмонтировать при старте/остановке MySQL
или
2) писать "mount --bind /run/mysqld /var/www/site1/mod-tmp/mysqld" в rc.local
3) в /etc/fstab написать "/run/mysqld /var/www/site1/mod-tmp/mysqld none bind 0 0" и, игнорируя ошибку в логах, в rc.local или в /etc/init.d/mysql написать "mount -a"