Для стойки предусмотрите вертикальные кабельные организаторы, горизонтальные тоже сойдут.
Посмотрите в сторону модульных патч-панелей. Дозабивать обычные, когда они уже в эксплуатации, то еще удовольствие.
На счет АТС действительно лучше сразу присмотреться к IP-ATS, например что нибудь от Yeastar.
Возьмите сразу два ИБП. Один блок питагия сервера в ИБП1, второй в ИБП2. Резервация+упрощение обслуживания.Если есть средства, то лучше on-line ИБП, автоматически решится вопрос со стабилизацией напряжения, раз у вас есть проблемы.
Составте схему сети, заведите кабельный журнал и промаркируйте все, что можно.