советую для начала попробовать DriveDroid и какой-нибудь небольшой дистрибутив, если скорость устроит тогда есть смысл морочиться дальше. Имел опыт использования CF карты в качестве HDD для системы всё работало. Спустя не один год флешку захотели заменить на SD 10 класса, так вот её скорости категорически нехватает и без танцев с бубном использовать её как HDD не реально, только если в режиме squashfs.