Отвечу сам себе. :-) Два года уже прошло всё-таки.
1. Использовать в шаблоне конструкции шаблонных выражений в таком виде:
{%- if bla-bla -%}
То есть ставим тире после и перед знаком процента. Это убирает пустые строки и отступы.
2. Минификатор в мусор. Реально от него только тормоза, хотя если кэшироваться то в принципе выигрыша можно добиться.
3. Разбирать в шаблоне только очень простые запросы. Сложные и с большим количеством уровней вложения превращать в JSON и разбирать яваскриптом на клиентской стороне.