Я использую примерно такой подход:
1. Получаем данные.
1.1. Запрашиваем из внешних систем или вводим руками.
1.2. Результат в консоль или в лог-файл.
2. Сохраняем данные.
2.1. Создаём БД.
2.2. Перенаправляем данные из внешних систем в БД.
3. Обрабатываем данные.
3.1. Реализуем бизнес-логику.
3.2. Результаты сохраняем в БД или показываем пользователю.
4. Отображение результата.
4.1. Достаём данные из БД и отправляем пользователю.
4.2. Взаимодействие с пользователем.
5. Повторяем в необходимом порядке и с необходимыми изменениями по всем слоям.