popup.js не взаимодействует со страницей браузера, он работает только с popup.html. Вставляй код на страницу примерно как описано тут: https://gist.github.com/danharper/8364399
Так у тебя обработчик повешен на все кнопки внутри аккордеона $('.accordion a'), а должен только на кнопки отвечающие за складывание/раскладывание. А еще лучше не делать контролы ссылками, а сделать их кнопками button, тогда и preventDefault() не понадобится.