И в ситуации когда nginx висит на 80 порту, а Apache на 8080, как закрыть порт Apache для всех извне, оставив его только для nginx?
С помощью iptables можно сделать так:
iptables -A INPUT -i lo -j ACCEPT
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp --dport 8080 -j DROP