Не могу вам ничего сказать по поводу Apple Mapkit, но по поводу создания тайлового источника данных - могу.
Чтобы получить из PNG карту в GeoTIFF, действительно нужно использовать QGIS, только не просто открыть и сохранить файл, а использовать модуль Georeferencer, чтобы привязать картинку к координатам. Это описано вот здесь, например:
https://docs.qgis.org/2.2/en/docs/training_manual/...
Чтобы верно выполнить эту задачу, нужно знать систему координат карты и координаты нескольких точек на карте.
