1. Плохая идея править что то руками на сервере!
2. Всегда надо иметь тестовый стенд (кроме прода и локали)
В большинстве мы работаем так с локале отдельная ветка, дальше или в develop или master.
Сборка через JENKINS если что то поменяно руками на сервере - НЕ СОБИРАТЬ ну и + тесты
Заливаете проект на BitBacket (там есть приватные репозитории, если разработчиков не более 5 человек). Далее можно воспользоваться схемой git-flow
у каждого разработчика соответственно есть доступ к репозитории и почитайте про GIT
если есть не залитые файлы. то лучше скопировать текущую директорию и уже пробовать
1. попробовать сделать hard reset.
2. как вариант удалить проект и в эту же папку git pull сделать
если есть не залитые файлы.. то руками перенести потом...