В общем решение оказалось простым:
docker run --name 10.1.23-mariadb --net=host -v /opt/test/mariadb:/var/lib/mysql -v /opt/test/mariacnf:/etc/mysql/conf.d -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=password -d mariadb:10.1.23
Т.е. как я и предполагал через --net=host - таким образом контейнер работает в сети хоста и нет нужды что-то редиректить. /etc/mysql действительно не пробрвсывается для изменения my.cnf, зато спокойно пробрасывается /etc/mysql/conf.d, а в нем файл mariadb.cnf, в котором и прописывается изменение порта на 3308.
Проблема решена.
